机构设置：院领导、办公室、综合业务室、规划室、设计室、概（预）算室、研究室。
    主要职责：
    院长：全面负责规划院的技术、经济和党的组织建设工作，做好工作人员的政治思想工作，稳定职工队伍，做好局机关各部门间的协调，做好合作单位间的业务关系协调，完成局交办的各项业务技术和其它工作任务。
    副院长：协助院长完成规划院的技术报告的创新、审查和经济工作、负责工程技术人员的业务培训与提高，完成局交办的各项业务技术和其它工作任务。
总工程师：协助院长完成规划院的技术工作，全面负责规划院技术报告的校核、审查、创新，完成局交办的各项技术工作。
    办公室：负责规划院日常事务、后勤保障和宣传工作，协助院领导做好其他事务性工作。
    综合业务室：负责规划院经营工作的管理及经营性项目的前期立项，负责院经济合同的管理及执行工作，负责制定完善经济管理制度及经济报表的统计与上报。同时完成院领导布置的各项技术性工作。
    规划室：负责院水利工程、水文泥沙、水资源规划、设计等项技术性工作。
    设计室：负责院水土保持生态工程规划、可研、设计、概算等项技术性工作。
    概（预）算室：负责院水利工程、水文泥沙、水资源水土保持等项目的概预算等项工作。
    研究室：负责院水利工程、水文泥沙、水资源调查与建设项目水资源论证、水土保持规划与设计等项目的技术研究、科研课题的研究、开发等项工作。